通过VMware构建本博客使用的生信处理环境

使用Windows系统，安装Docker需要开启WSL2，可能存在未知的BUG，操作和维护也不是那么轻松，因此本文将教大家如何使用VMware安装Ubuntu，再通过Ubuntu安装Docker，然后通过Docker安装Jupyter Docker Stacks

第一步 安装VMware

复旦大学是VMware学术计划成员，因此在校师生可以在遵循相关协议的前提下免费使用VMware学术计划内所包含产品。点此按信息办的步骤即可完成VMware的安装

第二步 安装Ubuntu

从Ubuntu官网下载ISO镜像，创建虚拟机

选择典型

选择ISO镜像路径

选择虚拟磁盘保存路径，建议新建空文件夹

磁盘大小设置大一点

一路默认，到这里选择开启SSH，安装完成后会提示reboot，之后会提示移除CD安装镜像

  • 重启后输入账号密码登录
  • sudo apt install net-tools
  • sudo ifconfig 记录下服务器IP
  • 使用FinalShell等SSH工具进行连接

第三步 Ubuntu换源

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deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse
  • sudo -i
  • nano /etc/apt/sources.list
  • apt update

第四步 安装docker

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{
    "registry-mirrors":[
                        "https://hub-mirror.c.163.com/",
                        "https://docker.mirrors.ustc.edu.cn/"
                        ]
}
  • curl -sSL https://get.daocloud.io/docker sh
  • curl -L https://get.daocloud.io/docker/compose/releases/download/v2.8.0/docker-compose-$(uname -s)-$(uname -m) > /usr/local/bin/docker-compose
  • chmod +x /usr/local/bin/docker-compose
  • docker -v
  • docker-compose -v
  • nano /etc/docker/daemon.json
  • systemctl daemon-reload
  • systemctl restart docker

第五步 磁盘扩容

  • vgdisplay
  • lvresize -l +100%FREE /dev/mapper/ubuntu–vg-ubuntu–lv
  • resize2fs /dev/mapper/ubuntu–vg-ubuntu–lv

第六步 安装Jupyter Docker Stacks

环境
通过VMware构建本博客使用的生信处理环境
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Author
Limour
Posted on
August 1, 2022
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