蛋白质组学TCPA数据集使用记录

获取数据

• 进入TCPA的下载页面选择感兴趣的L4数据
• unzip TCGA-PRAD-L4.zip

清洗数据

f_dedup_IQR

tcpa <- read.csv('tmp/TCGA-PRAD-L4.csv')
type <- as.numeric(substr(tcpa$Sample_ID, 14, 15))
tcpa <- subset(tcpa, type < 10) # tp
rowNa <- substr(tcpa$Sample_ID,1, 12)
tcpa <- f_dedup_IQR(tcpa[-(1:4)],rowNa)
tcpa

后续可以用limma包进行差异分析