分群

之前试了文献提供的去除批次效应的代码，发现效果非常差，还是用标准流程走一下看看吧 读入数据 library(scran); lib …

为了复现这篇Nature Cell Biology上文章的结果，试试文章提供的代码 安装补充包 conda activate se …

来源：BatchBench和生信技能树jimmy 批次整合效果 左图是批次上色，右图是细胞类型上色 左图不同区域颜色越混杂越好 右 …

安装补充包 conda activate seurat conda install -c bioconda r-harmony – ̷

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-0 …

第一步 下载自带的参考数据库（仅需一次，已经运行过了，跳过） library(celldex) ref_HPCD <- Hu …

conda create -n singleR -c conda-forge r-base=4.1.2 -y conda acti …

第一步 加载包 Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "/opt/conda/envs/cell …

conda create -n celltypist -c conda-forge r-base=4.1.2 conda acti …