通路富集 – 璃墨的小站

发布于 2022-09-11

之前通过TCGAbiolinks下载了蛋白质组数据，而其中peptide_target给的是抗体的名字，进行富集时需要进行ID转换 …

发布于 2022-09-10

之前用GOplot绘制了富集系统聚类图，感觉非常好看也非常实用，因此简化一下调用流程 f_GOplot <- functio …

发布于 2022-09-09

安装补充包 conda activate clusterprofiler BiocManager::install(“GOplot ̷

发布于 2022-09-09

清洗数据 vsted <- readRDS('rininiang.rds') group <- r …

发布于 2022-09-02

安装补充包 conda activate clusterprofiler ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui …

发布于 2022-08-22

安装补充包 conda activate clusterprofiler ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui …

发布于 2022-08-07

clusterProfiler：自定义数据库中展示过构建HALLMARKS的方式，但是速度有点慢，这里简单改动一下，对C5_HPO …

发布于 2022-08-03

与常用的基因功能注释数据库类似，Disease Ontolog通过参照MeSH, ICD等疾病分类标准，对人类的常见疾病与罕见病进 …

发布于 2022-07-22

GSEA分析 require(clusterProfiler) require(enrichplot) rres <- re …

发布于 2022-07-21

WikiPathways是一个开放协作平台，旨在促进生物学界对通路信息的贡献和维护。它提供了一种新的模型，可以增强和补充KEGG、 …