Limour's Blog
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COX-Ridge:外部数据集验证

建模1234567891011121314library(glmnet)library(survival)df1 <- readRDS('../../fig.3/B_ref_A_fiig.3_C/new_df1.rds')y <- data.matrix(df1[9:10])x <- data.matrix(df1[1:8])Ridge <- glmne
2022-08-19
统计学

Seurat绘制3D-umap

之前在Rstudio-server上安装了seurat,现在可以试试绘制3D-umap了 安装补充包 export R_LIBS_SITE=”” .libPaths(‘/home/rstudio/miniconda3/envs/r_4_1_3/lib/R/library’) install.packages(
2022-08-19
绘图

timeROC绘图记录

多变量123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839library(survival)library(car)library(rms)library(pROC)library(timeROC)library(ggDCA)library(survivalROC)library(pec)require(ggsc
2022-08-19
绘图

核酸检测完成情况提醒bot开发记录

需求 每天早上核酸检测即将开始,定时发送在线表格二维码到班级微信群 每天下午核酸检测即将结束,定时检测未完成填写的同学名单,发送提醒信息到班级微信群 在线表格设计如下 用了保护所选范围+冻结+条件格式+数据验证构建的简易核酸记录表,要求在校同学每日填报 功能拆分 低功耗小主机,如树莓派,运行微信,开放发信API到公网,demo点此 爬虫采集腾讯文档在线表格内容,demo点此 通过爬虫采集的内容
2022-08-15
开源

puppeteer获取腾讯文档在线表格内容

pyppeteer初探完了,发现并不怎么好用,还是用原生的puppeteer吧,以下是在前面pyppeteer初探已安装依赖的前提下的继续。 sudo apt install libzmq3-dev pkg-config sudo apt install nodejs npm npm config set registry https://registry.npm.taobao.org npm
2022-08-15
开源

pyppeteer初探

前面暂时解决了倒霉微信的发信问题,现在可以使用crontab定时每天早上将下面这个腾讯在线文档的表格的二维码发到群里了,下面还需要每天下午自动获取当天的填写情况,发送一条提醒消息到群里。这些在线表格就是不给个人提供api,腾讯文档明说要执照,金山文档就更过分了,可以跳过执照注册试用账号,结果折腾半天调通了api,发现试用账号没有获取文档的权限,我可去你**的。没办法,总不能博主每天在群里吼吧,只好
2022-08-14
uncategorized

解决虚拟机上执行sudo非常慢的问题

之前用VMware安装了ubuntu,一切都挺好,就是sudo运行起来等半天,跟这里的描述类似,在大佬指路下找到了解决方案。 hostname 命令得到自己的主机名,如vmubuntu sudo nano /etc/hosts 修改hosts文件 127.0.0.1 localhost vmubuntu 将vmubuntu添加到127.0.0.1后面 果然sudo不再卡顿了
2022-08-14
环境

制作微信发信的RESTful的API

境内微信使用太广泛了,然而微信这个倒霉玩意不像TG一样提供机器人接口,而学校核酸检测需要每天催没测的人去测核酸,太折磨了,因此先把微信发信的接口转成RESTful的API方便后续使用。主要思路是用**ItChat-UOS的接口,通过Bottle暴露到互联网上,只要post对应的参数和消息就能通过ItChat-UOS**给指定群组发送通知。 解除系统限制1234* soft nofile 10000
2022-08-14
开源

使用Seurat v3标准整合流程移除批次效应

之前试了文献提供的去除批次效应的代码,发现效果非常差,还是用标准流程走一下看看吧 读入数据1234567library(scran);library(tidyverse);library(Seurat);sce <- readRDS('scRNA.rds')sce <- as.Seurat(sce)sceL <- SplitObject(object = sc
2022-08-13
分群

scran:使用fastMNN算法移除批次效应

为了复现这篇Nature Cell Biology上文章的结果,试试文章提供的代码 安装补充包 conda activate seurat conda install -c bioconda bioconductor-scran -y conda install -c bioconda bioconductor-scater -y install.packages(“BoutrosLab.plot
2022-08-13
分群
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