单细胞 – 璃墨的小站

发布于 2022-10-04

之前在自己的小机器上分析，现在需要在学校集群进行分析，因此需要在两个没有公网ip且不互联的服务器之间转移大量数据。因此计划使用Rc …

发布于 2022-10-04

大量单细胞数据，峰值内存使用量来到了0.5T的水平，自己的小机器是跑不动了，只能用学校的集群。但是学校集群对于交互式绘图来说是很难 …

发布于 2022-10-04

tp_samples <- list.files('~/GEO/GSE193337') tp_dir & …

发布于 2022-10-04

The Human Cell Atlas 和 CZ CELLxGENE 的单细胞数据集有些metadata里有细胞类型注释。我们使 …

发布于 2022-10-03

随着单细胞数据量的增长，计算要求成指数增长，当数据量大于10万个细胞的时候，seurat包分析就显得非常有压力了，因为在实时内存中 …

发布于 2022-10-02

安装补充包 conda activate seurat conda install -c conda-forge r-nmf -y …

发布于 2022-10-02

持久化镜像存储 version: '3.3' services: datascience-notebook: …

发布于 2022-10-01

确定最佳分群读入之前使用metacell进行分群聚类中的数据 f_getBestPcs <- function(stdev …

发布于 2022-10-01

预处理 f_QC_plot <- function(sce){ options(repr.plot.width = 12, …

发布于 2022-09-29

处理参考样本 ref_sce <- readRDS('~/upload/zl_liu/data/pca.rds&# …