NCBI-GEO：SRA文件转FASTQ文件

来源

https://www.jianshu.com/p/8322e00a9f8a

https://zhuanlan.zhihu.com/p/353530857

https://github.com/rofl0r/proxychains-ng

通过conda安装纯净环境的sra-tools

• conda create -n sra_tools -c bioconda sra-tools
• conda activate sra_tools
• conda install -c conda-forge pigz -y
• prefetch

• wget https://github.com/rofl0r/proxychains-ng/releases/download/v4.16/proxychains-ng-4.16.tar.xz
• tar -xvf proxychains-ng-4.16.tar.xz
• cd proxychains-ng-4.16
• ./configure --prefix=$HOME/dev/proxychains4 --sysconfdir=$HOME/etc
• make && make install
• make install-config
• 添加正确的代理
• ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &
• ~/dev/proxychains4/bin/proxychains4 -f ~/etc/proxychains.conf curl www.github.com

批量下载SRA文件

• mkdir upload/zl_liu/sra/GSE172205
• cd upload/zl_liu/sra/GSE172205
• 通过 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=<GSE_ID> 得到 <SRP_ID>
• 通过 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=<SRP_ID> 搜索 <SRP_ID>
• 下载 Total 的 Accession List，上传到 upload/zl_liu/sra/GSE172205 目录下
•  vdb-config -i 设置http代理，网络好也可以不设置
• prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt

批量转换为FASTQ文件

#!/bin/sh
#任务名
TASKN=GSE172205
#设置根目录
ROOTDIR=/home/jovyan/upload/zl_liu/sra/GSE172205
#设置CleanData存放目录
CLEAN=$ROOTDIR/$TASKN
 
mkdir $CLEAN
for  file in `cat SRR_Acc_List.txt`
do
echo $file
mkdir $CLEAN/$file
cd $CLEAN/$file
fasterq-dump --split-3 $ROOTDIR/$file -e 16
pigz -p 16 *
done

• nano 11.sh
• chmod +x 11.sh
• ./11.sh

后续分析

STAR：一键脚本

STAR：记录一次比对过程