阿里云香港轻量应用服务器使用记录
第一步 添加SWAP wget -O box.sh https://raw.githubusercontent.com/BlueSkyXN/SKY-BOX/main/box.sh && chmod +x box.sh && clear && sudo ./box.sh 大小输入4096，设置4G大小的swap空间 第二步 安装docker
cBioPortal的原始数据获取
来源https://github.com/cBioPortal/datahub/tree/master/public https://www.cbioportal.org/study/summary?id=prad_su2c_2019 第一步 获取数据 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json & wget -e
时空图：以天狼星单程旅行为例
最近看从《从一到无穷大》，对里面的闵氏时空图很感兴趣，恰好里面有去天狼星的例子，因此想用时空图画画看。为简化问题，这里取天狼星到地球的距离为9光年，实际约为8.6光年。同时为了便于画图，纵轴时间轴以年×光速为单位，横轴空间轴以光年为单位。使用geogebra进行绘图。使用latex书写公式。 公式和绘图参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/66672960 第一步 出发前
NCBI-GEO：SRA文件转FASTQ文件
来源https://www.jianshu.com/p/8322e00a9f8a https://zhuanlan.zhihu.com/p/353530857 https://github.com/rofl0r/proxychains-ng 通过conda安装纯净环境的sra-tools conda create -n sra_tools -c bioconda sra-tools conda
使用 FastQC 做质控
来源https://anaconda.org/bioconda/fastqc https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723 https://liripo.github.io/posts/2019/fastqc%E4%BD%BF%E7%94%A8/ 通过conda安装纯净环境的FastQC conda create -n fastqc -c bioconda fastq
生存分析的基本流程
准备https://occdn.limour.top/1895.html https://occdn.limour.top/1945.html https://occdn.limour.top/1820.html 来源https://mp.weixin.qq.com/s/ykQm3OygcfPgC8P0q4cwZA https://blog.csdn.net/qq_19600291/ar
TCGAbiolinks (二) 获取生存分析数据
来源https://www.yisu.com/zixun/572908.html https://j11.fun/tcgaclinical 慢更新数据（不推荐）123456789library(TCGAbiolinks)PRAD <- GDCquery(project = 'TCGA-PRAD', data.category = &quo
STAR：一键脚本
可选：BAM转FASTQ将所有bam文件以.bam结尾，单独存放到一个目录，conda activate biobambam，新建以下脚本运行 1234567891011121314151617181920212223242526#!/bin/shROOT=/home/jovyan/upload/22.07.02/musclemkdir $ROOT for _ in *.bamdo mkdir $